Сюжет мультсериала «Черепашки ниндзя» разворачивается в городе Нью-Йорк и начинается с момента, когда журналистка Эйприл убегая от панков, очутилась в канализации города, где на ее защиту встали странные существа с именами великих художников сильно смахивающие на черепах. Так началось знакомство журналистки, а заодно и нас с вами с черепашками ниндзя Донателло, Рафаэлем, Леонардо и Микеланджело.
Четыре черепашки попали в канализацию случайно, и так же случайно жидкость мутаген в канализационной воде изменила их до неузнаваемости. Боевым искусствам их научил старый учитель Сплинтер, который в свое время был человеком и предводителем клана ниндзя, но благодаря завистникам был изгнан и таким образом очутился в канализации. Необычные черепашки борются со злом, которое представлено в мультсериале «Черепашки ниндзя» главными врагами — Шредером с его верными роботами, который мстит учителю Сплинтеру и Кренг, инопланетянин, покоривший измерение X. Мультсериал «Черепашки ниндзя» рассчитан на детскую аудиторию в основном и именно поэтому черепашки борются не с людьми, а с роботами и мутантами. Несмотря на боевой характер мультфильма, он не лишен юмора, положительных героев и сентиментальных моментов.